La structure organisationnelle du MJRM est adaptée au découpage administratif du Cameroun. Les membres du MJRM sont appelés des Délégués. À qui la conduite irréprochable et l’intégrité morale sont exigées. Les délégués forment la délégation du MJRM dans leur arrondissement. Les activités d’une délégation sont organisées et coordonnées  par un  bureau de coordination. Le MJRM compte donc 360 bureaux de coordination d’arrondissement. Une  activité ou un projet peut impliquer plusieurs arrondissements, départements, ou régions. Ils seront alors sous la supervision des bureaux de coordination correspondants.

Un bureau de coordination est représenté par 2 délégués désignés, et un secrétariat qui regroupe tous les services techniques nécessaires au bon déploiement de la délégation.

Les délégués vivant à l’étranger sont organisés autour du bureau de coordination de la Diaspora.  L’observatoire national est l’organe du MJRM qui porte sa voix  à l’échelle nationale et internationale. Les statuts et les textes du MJRM sont conformes à la constitution et aux lois en vigueur au Cameroun.